Visium 空間遺伝子解析

HD 3’ 遺伝子発現

次世代Visium HDテクノロジーを基にして、全トランスクリプトームを網羅し、さまざまな生物種から幅広い情報を取得するアッセイ Centrillion社のライセンスに基づき製造

拡大した空間探索に推奨されるVisiumアッセイ

シングルセルスケールの解像度

HD 3’遺伝子発現を選択する理由

  • 新鮮凍結組織サンプルにより、さまざまな生物種に対応

  • 新しい発見の可能性(アイソフォーム、BCR/TCRおよびSNVの検出)

アッセイ仕様

    生物種

  • さまざまな生物種に対応

    対応サンプル

  • 新鮮凍結組織

    マルチオミックス

  • 3’遺伝子発現

  • 形態学的解析(HE)

  • アイソフォーム発現(実現の可能性)

  • TCRおよびBCRのシーケンス(実現の可能性)

    スループット

    キャプチャーサイズ: 6.5 x 6.5 mm

アッセイ構成要素

各々の実験にVisium HDスライド、コア試薬およびVisium CytAssist装置が必要です。必要なアイテムがわからない場合には、Experiment Builderを使用し、実験に必要な品目のカスタムリスト を参照してください。

Consumables


Index Kit

REAGENT

1000215

Dual Index Kit TT Set A, 96 rxn

Core Slides and Reagents

REAGENT

1000857

Visium HD 3', 6.5 mm, 4 rxns

REAGENT

1000856

Visium HD 3', 6.5 mm, 16 rxns

REAGENT

1000854

Visium HD 3' Reagents - Kit A Small

Starter Kits and Accessories

ACCESSORY

1000857

Visium HD 3', 6.5 mm, 4 rxns

Optional Accessories

ACCESSORY

1000499

Visium CytAssist Reagent Accessory Kit

ACCESSORY

1000886

Visium CytAssist Alignment Aid Kit, 6.5 mm

Compatible Instrument


Visium CytAssist

独自のVisium HD 3’実験を組み上げる

自身の研究に適した実験をデザインしましょう

ユーザーガイド

シーケンス要件

最終的な遺伝子発現ライブラリーは、組織で完全に覆われたキャプチャーエリアに対して5億5千万リードペアの推奨最小深度でシーケンスされます。

更なる詳細

資料

Visium HD 3’による空間探索の深化

Visium HDデータ解析の開始と外部ツール

Space Ranger解析パイプライン image

Space Ranger解析パイプライン

無償の解析パイプライン:入力ファイルタイプを処理し、Visiumシーケンスデータを組織画像に合わせて調整する。そして、オプションの細胞セグメンテーションを実施

Loupe Browser image

Loupe Browser

Desktop application for Windows and MacOS that allows you to interactively visualize data.

Cloud Analysis image

Cloud Analysis

Cloud Analysisにより、ご使用のウェブブラウザから迅速かつ容易にCell Rangerパイプラインにアクセスできます。

Visium HD WTパネル

シングルセルスケールで包括的な差次的遺伝子発現解析を行うプローブベースの空間遺伝子発現アッセイ

Visium v2 WTパネル

キャプチャーエリアが大きく、オプションのある第一世代スライドデザインを利用したプローブベースの空間遺伝子発現アッセイ

Visium v1 3'

第一世代スライドデザインを利用した3’ポリ (A) キャプチャーベースの空間遺伝子発現アッセイHD 3’へのアップグレードが推奨されます。

Visium空間解析

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