Visium 空間解析

v2 WTパネル遺伝子発現

第一世代Visiumテクノロジーを原動力に、タンパク質をコードする遺伝子を網羅し、免疫オンコロジータンパク質パネルを使用するアッセイ

Visium HDテクノロジーを活用することで、シングルセルスケールの解像度で隙間のない組織解析を実現

第一世代スライドデザインは1~10細胞解像度を提供

v2遺伝子発現を選択する理由

  • がん免疫にフォーカスしたタンパク質パネルによるマルチオミックスなオプション

  • 11 mm x 11 mm のキャプチャーエリアにより、大きなサイズの組織にも対応

アッセイ仕様

    生物種

  • マウス

  • ヒト

    対応サンプル

  • FFPE組織

  • 新鮮凍結組織

  • 固定凍結組織

    マルチオミックス

  • プローブベースの遺伝子発現

  • タンパク質

  • 形態学的解析

  • ヒトがん免疫タンパク質パネル

    スループット

    キャプチャーサイズ: 6.5 x 6.5 mm

    キャプチャーサイズ: 11 x 11 mm

アッセイ構成要素

各々の実験にVisium 空間遺伝子発現(v2)スライド、コア試薬およびVisium CytAssist装置が必要です。必要なアイテムがわからない場合は、Experiment Builderを使用し、実験に必要な品目のカスタムリスト を参照してください。

Consumables


Index Kit

REAGENT

1000251

Dual Index Kit TS Set A, 96 rxn

Core Slides and Reagents

REAGENT

1000520

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Human Transcriptome, 6.5mm, 4 rxns

REAGENT

1000443

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Human Transcriptome, 6.5mm, 16 rxns

REAGENT

1000522

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Human Transcriptome, 11mm, 2 rxns

REAGENT

1000444

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Human Transcriptome, 11mm, 8 rxns

REAGENT

1000521

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Mouse Transcriptome, 6.5mm, 4 rxns

REAGENT

1000445

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Mouse Transcriptome, 6.5mm, 16 rxns

REAGENT

1000523

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Mouse Transcriptome, 11mm, 2 rxns

REAGENT

1000446

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Mouse Transcriptome, 11mm, 8 rxns

Starter Kits and Accessories

ACCESSORY

1000469

Visium 6.5mm Slide Cassette, 4 pk

ACCESSORY

1000470

Visium 11mm Slide Cassette, 4 pk

ACCESSORY

1000471

Visium CytAssist Tissue Slide Cassette, 4 pk, 6.5 mm

ACCESSORY

1000472

Visium CytAssist Tissue Slide Cassette, 4 pk, 11 mm

RNase Inhibitor (Optional)

REAGENT

1000887

Kit, RNase Inhibitor 40x

Compatible Instrument


Visium CytAssist

独自のVisium V2実験を組み上げる

自身の研究に適した実験をデザインしましょう

ユーザーガイド

シーケンス要件

最終的な遺伝子発現ライブラリーは、組織で覆われたキャプチャースポット1ヵ所に対して2万5千リードペアの推奨最小深度でシーケンスされます。最終的なタンパク質発現ライブラリーは、組織で覆われたキャプチャースポットに対して5千リードペアの推奨深度でシーケンスされます。

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Space Ranger 解析パイプライン image

Space Ranger 解析パイプライン

入力ファイルタイプを処理し、Visiumシーケンスデータを組織画像に合わせて調整します。オプションの細胞セグメンテーションを実施する無償の解析パイプライン

Loupe Browser image

Loupe Browser

Loupe BrowserはデスクトップアプリケーションでWindowsとMacOSに対応しており、直感的なデータの視覚化ができます。

データセットを見る

Visium HD WTパネル

シングルセルスケールで包括的な差次的遺伝子発現解析を実施するプローブベースの空間遺伝子発現アッセイ

Visium HD 3'

拡大した全トランスクリプトーム探索のための3’ポリ (A) キャプチャーベースの空間遺伝子発現アッセイ(さまざまな生物種に対応)

Visium v1 3'

第一世代スライドデザインを利用した3’ポリ (A) キャプチャーベースの空間遺伝子発現アッセイHD 3’へのアップグレードが推奨されます。

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